지난 2003년, 정부차원의 “제주4·3진상조사보고서”가 확정되었고. 노무현 대통령의 4·3에 대한 공식사과가 이루어 졌다. 반세기 넘게 제주도민들을 짓눌러 왔던 4·3의 상처를 씻을 수 있는 계기가 마련된 것이다.

 또한 반세기가 넘는 동안 금기시 되어 왔던 4·3의 역사적 진실이 대한민국정부가 공식적으로 4·3을 국가폭력에 의한 양민학살로 규정함으로써 그동안 이념의 굴레에서 고통받았던 제주도민과 유족들을 감싸 안은 것이다.

 제주4·3연구소는 1989년 개소 이후 제주공동체를 완전히 폐허로 만든 4·3의 진상규명과 명예회복운동의 시작과 정점에서 지난 15년간 각고의 연구활동과 실천운동의 중심에 서왔다.
 음산한 권위주의 철권정치 하에서 4·3의 역사적 진실과 도민의 명예회복, 그리고 이를 통한 민주사회의 건설과 조국통일의 기여가 그 당시 연구소의 활동 목표였다.

 그후 15년간 연구소의 연구와 실천은 이슈의 생산과 바람직한 유족회의 결성 등 4·3특별법제정과 4·3진상조사보고서 확정의 이론적 틀을 만들어 냈다.

 그동안의 연구성과로는 ‘증언채록집’, ‘4·3유적지 발굴과 4·3홍보’, ‘4·3연구서’, ‘4·3기행’, ‘미군정보고서’, ‘미군정연구’, ‘제주신보 발굴’, ‘4·3인물찾기’, ‘4·3유물 발굴 ·보관’, ‘4·3관련 신문자료집’, ‘수형인증언채록’, ‘국내외 연대사업’, ‘4·3문화운동연구’ 등 제주4·3과 관련된 무든 부분을 연구대상으로 삼아 20권의 단행본과 각종자료집을 발간해 왔다.

 이 외에도 국제 학술대회, 크고 작은 세미나를 열어 4·3관련 주요 이슈를 부각시키며 4·3운동의 현단계와 과제를 늘 점검해 왔던 것이다.

 특히 1992년 4월에는 구좌읍 세화리 다랑쉬굴에서 4·3피해 유골 11구를 발굴하여 4·3진상규명에 획기적인 단초를 마련했고 1994년 3월에는 애월읍 소재의 발이오름에서 4·3피해 유골 1구를 추가로 발굴하기도 하였다. 그리고 4·3당시 제주도의 유일한 일간지였던 제주신보(1947년1월～1948년4월분)를 발굴하여 영인 출간했으며 1947년에 작성된 남로당 문건을 발굴하여 연구를 위한 1차 자료로 공개하기도 하였다. 2000년과 2001년에는 미군관련 문서들을 모아 자료집을 출간한 바 있다.

 또한 연구소는 그동안 안덕면 동광리의 큰넓궤, 조천읍의 낙선동 4·3성터, 백조일손지지, 이덕구 산전, 시오름 주둔소, 현의합장묘, 영남마을 등의 잃어버린마을, 수많은 학살터와 피신처 등 도내에 산재해 있는 4·3유적지를 발굴하여 소개하여 왔고, 관련유물을 수집해 왔다. 그리고 개소이후 15년간 400회의 4·3역사기행을 통해 국내외 3만여명에게 제주4·3의 고난의 역사를 현장에서 소개하기도 했다.

 특히 1998년 ‘동아시아 평화와 인권’이라는 주제의 국제학술대회를 개최하여 현대사의 아픔을 지닌 동아시아 지역의 국제적 네트워크를 구축하는 기반을 마련, 제주4·3을 국제적으로 알리는데 기여했으며 2002년 월드컵개최기간에는 유럽, 중국, 일본, 미국 등의 외신에 제주4·3을 알리는데 심혈을 쏟았다. 2003년도에는 중국남경대학살기념관 국제평화연구소와 공동연구협약을 체결하여 본격적인 국제교류의 시대를 열어가고 있다.

 제주4·3연구소는 1989년 처음으로 도내 11개 시민사회단체와 공동으로 4월제 공동준비위원회를 결성하여 제41주기 4·3추모제를 주도적으로 개최하여 현재의 범도민 4·3위령제의 밑돌을 놓았다.
 제주4·3연구소는 지난 2004년 5월 10일, 창립15주년을 맞아 새로운 출발을 다짐하고 있다. 지금까지의 연구와 실천운동의 성과를 겸허히 계승하면서 제주4·3의 정신을 평화와 인권의 연구단계로 끌어가고자 준비하고 있다. 그리하여 폭력 앞에 억눌린 지역과 사람들의 소리가 얼마나 평화를 염원하는 것인지를 전세계인의 가슴에 심어갈 준비를 하고 있다.

 이것은 곧 제주도가 지향하는 평화의 섬이 이론적 근거가 될 것이다.